既然受了军职，武进近来的工作重心就从军器监的事务转为了组建新军。武进上书皇帝，请求在郊外山谷试验场设立神机军军营及训练场。他还向皇帝提出要扩大神机军将士的选拔规则，选贤用能。皇帝不仅允许武进的请求，还授予武进自行任命军中八品以下武官的特权，另让京兆尹派出一队百人队巡山封闭，保证驻地不受侵扰。

用意是有三：一是出于对新军器的保密考虑，隔绝作训场地与外界的联系，防止有人刺探新军和武器的情报；二是新募军队人员构成复杂，其中极可能存在朝内人的暗桩或是敌对国的细作，需要在实训中进行封闭甄别；三是山谷距离城镇较远，既可避免与其他军队有交叉联系，也可减少附近民众好奇偷入，导致训练中有意外发生。

武进不想让士族关系、裙带关系等介入而把队伍弄得勾心斗角，就又请托圣人从禁军护圣军、奉国军中挑选出了军职低微但本领过人、战场经验丰富的几十个老兵，尤其是擅长射箭和调配资源之人调入神机军。调入前武进亲自组织人进行了背景调查，清楚社会关系后才将这些人正式纳入新军。

这些兵再通过从军审查和军事常识、武技（射箭、近距离格斗）测试后择成绩最优者五人破格提拔为九品上陪戎校尉，其他则任为九品下归德执戟长上（以下称长上）和队正。

陪戎副尉、长上、队正就成为千人神机军的基本管理框架。每位陪戎校尉主持一团，每团下设归德执戟长上四人，长上下再设队正四人。每个队正管理军士十人，分为一班；长上管理军士四十人，四班为一排；陪戎校尉管理一百六十人，四排为一连。作战部诸曹参军三人各分管三个连，为一团；武进统管全军军事，帐下专设了几十人的参谋部作为全军作战研判和军令传递部门，参谋部中文武各占半数。

三个团中两个团是作战部队，一团为后勤部队。作战部队每班掌握弹射筒两部，基准弹药爆破弹、燃烧弹各一百发。每排、连以此类推，至团一级掌九十六具弹射筒，基准弹药四千八百发。后勤部队中分两部分，大半兵士运送弹药、补给，小半部分为器械维修、更替。

除了这些新军正式编制以外，武进还设立了一个警卫连，其中主要战力为武进家中护院老兵和其子弟，连长是随武进血战滋德殿的湖州老兵苏文臻。副连长由武进的贴身护卫铁卫充任。

神机军中三团，右团名为夔牛，取其声如雷；左团名为金乌，取其投火如阳。中团名为朱厌，是为朱厌一出必有大战，由武进直接掌控，副团长为八品下御侮校尉铁东。中团共两百人，为突进和防守力量。主要武器装备除连射弩车外还有新近发明的近战排枪、连射弩。弩箭既包括常规箭，也有透甲箭、火箭。弩车则使用驽枪，其基础形态为钢制铲状枪头，以枪身是否附着不同助燃、助爆之物而区分为燃烧枪或爆破枪。

中团中还有一百铁甲重骑和五十人斥候队，以侦查和防范敌方对弹射筒阵地进行偷袭。铁甲重骑全身着磷化铁甲，连马匹均缚厚甲，不惧目前各种长短箭的威胁，是冲锋陷阵的好防护。每骑装备新连射手弩四具，可连射二十支透甲箭。供箭方式已由逐支上箭改进为箭匣供箭，再加上挂弦工具，可保持一刻钟的持续火力。一队百骑在箭矢足够的情况下可突进敌阵，有千骑攻势。

武进还调回了之前派出到禁军中任军教的他的私人卫队，将卫队中的部分百战老兵平时列为军教，战时列为监军，作为中层军官管理日常训练和战时的军纪纠察。武进还选拔了一些识文断字、有着一定策略思想，能应对突发情况的军官招纳为八品下御侮校尉、九品上仁勇校尉，组成了神机军参谋部。参谋部负责神机军攻伐策略的制定、战场军情传达和监督落实等职责。

在架构组建完成后，第二日辰时整，神机军召开了全军指战员干部第一次大会。会上作为总指挥官的武进只说了五件事：

第一件：只要严守军令、作战努力，获胜后有功者可依功劳受赏，即使不胜也不会因此获罪。

第二件：每位队正都需要指定本队中的一位得力军士，上报参谋部经考核后作为后备队正培养，战时若队正不能继续带领本队则由后备临时接替指挥；后备不能则由一班长接替；班长不能则由其他班长顺序接替。如神机军以后扩编，预备队正会优先择取成为新队正，举荐有功的队正会被擢升为陪戎校尉。

第三件：军中设立火器队，请有经验匠作在实战中参与改进所用火器，有大贡献者可依功授奖。除受到军功擢升外，还会得到金银、财帛赏赐。如受赏者超过八品，则会上书向朝廷请功。

第四件：军中将士会获得朝廷依规给与的军田，任何军官不得剥夺军士福利或私收军田，一经查实即会开革军籍，追索所得；军中会在京都设立军属会，照顾军士家庭，对困难军属给与资助，为作战勇敢的伤亡将士发放抚恤。对于不能务农的军属，将安排其入军属作坊中做工，保障其经济来源。无论军士以后是否离开神机军，家属都可以一直在工坊做工，直到自愿退离。若有军士作战时不听指挥，无故溃逃或杀伤同袍者，不仅会被定罪，军属也会被清退出军属会，革除工坊做工机会。

第五件：军队中严禁私斗，有争议者要上报参谋部法检队，由其调查和报参谋部处理。军中一切有关作战信息均为绝密，任何人泄露都以叛国罪依军律论处。

五件事讲完，不再多说一句，让众军官带着书写五件事的布告回团、队中张贴，要求军官逐一讲给队正听，队正逐一讲给军士听，还要保证听懂。

五件事都是与众军士切身相关的大事，也是好事。之所以要向所有军士公示，就是树立公正，增加新军管理层的威信。总说好事传千里，军中将士在会后不到半个时辰就已经清楚了指挥使在大会上的讲话精神，顿时军中沸腾，每位军士都觉得自己被择调至神机军是好过天上掉馅饼的大好事。

军士们沸腾了一小会，看着指挥使穿着粗布衣衫来到营区工地上，众军士都拥到武进面前，七嘴八舌地问传言是不是真的？武进知道，他们经历了多年战场，但很多时候都是被权力或者生计逼着去参与厮杀，从不是为荣誉和未来而战，不仅心中涤荡。他站在垒木高处一字一字清晰的说出：“武某虽年轻，但从不以话欺人。男人就当一口吐沫一个钉，钉于心上岿然不动。会上所言属实，从此我神机军将士只会为国流血，绝不会再为己流泪。众弟兄信我、戴我，我必以生死相交。今日如此，以后亦如此！与子同袍，生死相系！愿为大周效死！愿为陛下效死！”

围在武进周围的军士听罢，纷纷下拜，口中同样大声呼喊：“与子同袍，生死相系！我等愿生死追随将军！愿为大周效死！愿为皇帝效死！”

军中司马见此情景，不敢耽搁，赶紧将此情形书写下来向禁军总管殿前都指挥使张永德陈情。永德接书后半晌不言，而后叹道：“此子仅及冠而思行胜于长者，军士岂能不为此效死乎！但在军中收买人心是军中大忌，不知陛下会怎么看？”

爪牙自然明白主子的心意，将此内容拟为奏疏上报给皇帝。皇帝见此奏疏后笑着说：“所谓疑人不用，用人不疑。武进在显贵中也曾公开说他就是朕的鹰犬，鹰犬的爪牙也自然是朕的爪牙，这有什么可猜忌的？希望其他人不要有嫉妒心，不要再进这样的谏言了。”此事从宫中传出，众大臣也不觉得意外，只是相互私下里说：看来武进深受圣人荣宠，还是不要多事吧，为了这个得罪圣人实是不智之举。

新军不会只因一次讲话，一个公正的公示就会令从禁止，武进还没有那么天真。

山谷中树木葱郁，有大量的木料可用于建造营房、箭楼和观察哨。被调配来的军士没有马上偷入训练，而是分编团、连、排后开始了营区建设。不是武进不着急，而是他需要尽可能观察军中情形，了解各级军官和军士的状态和想法。武进和已任命的各级校尉、长上、队正均参与劳动，与军士同吃同住，一起建设营区。

在军官的带领和亲身示范下，军士虽有点怨言也不敢发牢骚，怨言也不是因为做工，而是都听说不久便要随军出征，但是不见演练阵法和训练，都有些担心。当然还是有人敢私下里喊累，武进早就在各队中安插了自己人，自然知道这是有人组织。几天后，录事参军被调离，还有几个私下发声的军士。

录事参军走前武进特意找他谈话，意思是知道他是谁的眼线，也知道是受人指使，所以并不处以军法而只是平级调离，这也是不想他两头受累。参军也是聪明人，知道这是好意，跪地拜别。

又过几日，一些军士开始惫懒，被本队的长上和队正臭骂：“扶不起来的杀才，你没见指挥使每日与你等一样干活！遍观军中，听说过哪位将军见天扛着原木、砖石给军士建营房的？又有哪个将军和军士吃一样汤饼？有人说将军这是做给将士们看的，也不好好想想，将军倍受圣人赏识，用得着做样子给你们这些杀才看？老子明说了，谁他娘的干活不出力，不用将军责罚，就问同袍兄弟们饶不饶得过！”众人都赶紧着去上工了。

本来需要一月才能建成的营房和训练场地，在一种将官的带领下，在近千军士高昂气势和日夜积极劳作下，仅用了十余日就已经完工。前来验收的工部吏员仔细查验过后惊愕，如此短时却修筑出了完全符合规制的高质量营房。工部吏员返回后将修建情况向工部尚书卢琰汇报，尚书不信再派官吏复核，回报结论有过之而无不及。卢琰感叹：“武进的用人方法实与他人不同，一群散兵游勇竟能在短时里成战力，真是一件难以想象的事。”

营房、演武场等设施设立后，武进利用一周时间操练军士步列，使军中风气为之一新。凡在营区或校场行走的军士，均两人成排三人成列，见面时无论官阶均右手成拳，虎口部轻击左胸行礼，以独有军礼表示尊重。

军中强调卫生，每日作训后都要用热水和免费发放皂角、胰脏、野菊花制成的叶子形状的胰皂清洗。不许军士进食存放多日的食物及饮用生水，营房内都安有小铁炉，冬日取暖、烧水；军厨除日常蒸煮食物外，还按武进要求学习了军器监制作新军粮。厨子将口赋杂粮磨粉后加入鸡肉沫和羊肉沫、干菜沫、熟大油和成面团，在大石下压成两指宽、一指长的条状，铁炉中烤制为干粮后用油纸分包密封在铁箱中。经过测试，如此可保军粮几月不坏。

新军粮在训练非常紧张的时候发放给将士用作充饥，只要吃上三五块后再喝少许水就可以饱腹，连着吃用多日也不会影响体质，被广大将士视为军粮中的上品。

为了训练和战时方便，武进还让自家的裁艺铺设计了与现代作训服类似式样的新军装，衣袖收紧，脚踝上缠绕布带，不但训练时轻便，也更加节省布料，贴身不累赘。军装颜色一改以往的黑色、红色，都是黄绿色。发的制式雨披，一面黑色一面白色，黑色防雨，白色便于冬季下雪时隐藏。斥候的军服更是染织成了黄、绿、褐色颜色混合，初时以为弄错，后来按教导藏入密林、草丛中才知这是十足的掩护色。

武进受后世军装领子上的风纪扣和小挂钩的影响，改进了盔甲的使用。披甲也不再需要绑很多绳结，而是用上了结实的铁制钩挂。结果是以往需要在别人帮助下才能穿好的战甲，现在一个人五分钟左右即可穿戴整齐。他还重新设计了挂具服，配给轻装斥候和后勤军士使用，提高普兵防护力的同时增加了携带物品的能力，加装黑色陶瓷板后也可以对重要部位起到防护作用。

除此外，武进还给护卫和斥候升级了近战用兵器，以前的短刃改为加长三棱锥刺，还可通过加装木柄成为中长兵器。实战中只要被三棱锥刺中肢体过深伤及血管即会失血而死，成为军中难得的近战搏杀利器。